컴퓨터에서 파일들 사이의 관계를 지배하는 계층적 질서가 없는 파일 관리 체계. 보조 기억 장치인 디스크 내에 저장되어 있는 파일은 모두 각각 다른 이름을 가져야 한다. 각각 다른 디렉터리에 존재하더라도 2개의 파일이 같은 이름을 가질 수 없다. 매킨토시 운영 체계의 초기 버전이었던 매킨토시 파일 시스템(MFS)과 MS-DOS의 버전 1.X 등에서 단층 파일 체계가 채용되었었다. 계층적 파일 시스템(hierarchical file system)과 대칭된다.